春休みに「とある事故」で心の傷を負った高校生・渋沢(しぶさわ)沁(しみる)は、心理相談室で『スクール・カウンセラー』の診察を受ける。
　春休みの事故……それは、沁の友人が自宅で転落死したことだった。
　カウンセラー・湯島(ゆしま)涙(ナミダ)は、沁の心を癒すには事故の真相を解き明かす必要があると指摘する。
　転落は事故ではなく「殺人」だった。心理学的見地から犯人を推理し、解決へ導く。

　――以後、沁と涙の間で、さまざまな悩み相談にまつわる事件が多発する。
　親の離婚問題に悩む級友の揉め事。
　沁のクラスで嫌われている担任教師の悩み。
　さらには、スクール・ソーシャルワーカーやスクール・アドバイザーと言ったカウンセラーのライバル業種からも妨害に遭う。
　湯島涙の過去も明かされ、大学時代の恩師による派閥抗争に巻き込まれる。居合わせた沁が誘拐され、湯島涙はこれを救出し、黒幕を暴く。