大奥には、将軍に仕えるために1000人の女が集まっていると言われている。しかし、時の将軍・徳川慶喜は大奥に渡ることがなく、慶応4年正月に起きた『鳥羽・伏見の戦い』では敗北してしまう。 大奥の全ての女たちを束ねる筆頭御年寄・瀧山は、軍艦奉行・勝麟太郎から慶喜敗北の話を聞かされ、江戸城内が混乱の渦に巻き込まれていくことを察する。同じ頃、慶喜敗北の知らせは瓦版で江戸市中にも知らされ、人々は不安な日々を過ごすことになる。

「双子は|凶兆《きょうちょう》」古くからそう言い伝えられている桃源国。 　この国では双子として生を受けた者が無事、成人することはほぼ、ない。 　そんな中、服部半蔵の娘、琴葉は男女の双子として桃源国に生を受けた。 　何故か生かされた琴葉は、現在十七歳。くノ一い組に属する忍び者としてひっそりと組織の中で生きている。 「多くを望まなければ、それなりに楽しい人生」 　琴葉はそう信じて生きてきたし、これからもそのつもりでいた。 　そんな中、父である半蔵から新たな任務が下される。それは女の園である「大奥」で潜入捜査をしろというもの。 　何でも江戸城本丸大奥において将軍が寵愛していた奥女中が亡くなったらしい。 　そして彼女が残した遺書のような書簡が絶賛紛失中とのこと。 「大奥って、一度でもお手付きになったら二度と出られないらしいよ」 　周囲に散々脅されながらも、琴葉は任務のため大奥に向かう。 　するといつぞやの任務で顔を合わせた怪しい侍が琴葉を待ち構えていた。しかも何故か女装し、琴葉と共に大奥で捜査をするという。 　ひょんな事から大奥内、長局で女装した青年と共同生活を始める事となった琴葉。 　戸惑いながらも、大奥で遭遇する幽霊事件に盗難事件。 　そして、将軍の寵愛を受けた奥女中が残した書簡は見つかるのか。 　琴葉は多くを語らぬ謎の青年と共に、事件解決の為に大奥でのお勤めを開始するのであった。

桂木 志乃（かつらぎ しの）：17歳 　病弱で引っ込み思案な妹。幼少より姉と比べられ虐げられる。だが心には秘めた情熱と知性、そして将軍への秘めた恋を抱いている。 •桂木 蓮華（かつらぎ れんげ）：19歳 　志乃の姉。絶世の美貌を持ち、将軍の寵妃候補筆頭。高慢で策略家。志乃を家の恥として見下している。 •徳川 清暉（とくがわ きよてる）：若き将軍。21歳 　冷徹と評されるが、実は心の奥に孤独と優しさを抱く。美しいだけの女たちに飽きていた中、志乃の芯の強さに惹かれてゆく。 •志乃付きの小女・梅（うめ） 　純粋で志乃を慕う少女。時に笑いと癒しをもたらす。

これはどういうことか…… 社長である親父の軽率な言動のせいで、我が社の秘書課に送り込まれた４人のご令嬢。 なんとしても、穏便にお引き取り願おう。