熱帯雨林のように蒸し暑い夏の日、昼寝から目覚めると、望月柚は思いもよらぬ明治時代にタイムスリップしていた。偶然にも死ニカエリと呼ばれる怪異に襲われそうになるが、内務省討伐課の警察官、入谷咲真と同僚の大山勇に救われる。彼らの提案で、衣食住を保障される代わりに、柚は死ニカエリの捜査に協力することに。予想外の冒険と奇妙な事件の数々を経て、柚は次第に勇に惹かれていく。 そんな時、元の時代に戻れる唯一のチャンスが迫って､､､！？ 時空を超えた運命の選択が、彼女を待ち受ける。

女子高生の白露未来には、顔はイケメンだが性格は正反対の双子の許嫁がいた。一方はツンデレ不良少年、もう一方は天使のようなピュアさ。両家の意向により、未来は性格も生き方もまるで違う二人と同じ屋根の下で暮らすことになる。

中学二年生の倉橋美朱は、幼い頃から霊感が強く、霊や妖怪が見えるという特別な能力を持っていた。ある日、彼女は幼い頃に遭遇した妖怪の襲撃から、謎めいた陰陽師・南天によって救われる。命の恩人である南天は、美朱の安全を守るため、彼女に陰陽術を教える。そして、平穏な日々の中、美朱の友人から衝撃的な話を聞く。それは、近頃噂されている都市伝説が現実のものとなり、人々を襲っているというのだ。美朱は、南天と共に、現代社会に潜む闇へと立ち向かうことを決意する。だが、彼女を待ち受けるのは、想像をはるかに超える危険と、南天の隠された過去だった――。