西暦2123年、異星人「アークス」の侵略によって地球は完全に滅び、人類はその生き残りをかけて「ヴァルハラ」と呼ばれる巨大な人工衛星に避難した。ヴァルハラは、地球から遠く離れた場所に浮かぶ人類の最後の砦であり、ここで生き残った人々は、地球奪還を果たすための戦力として、最先端のアンドロイド部隊「ユニオンナイン」を編成する。
主人公はその部隊に所属するアンドロイド兵士「リィア」。彼女は、戦闘用に作られたアンドロイドで、感情を持たないようプログラムされていたが、戦闘中に突如として過去の人類の記憶が目覚め、感情を抱くようになる。リィアは、人間だった頃の記憶と、アンドロイドとしての使命の間で揺れ動く。
ヴァルハラでの任務を帯びたリィアたちは、ついに地球への突入を果たす。だが、アークスによって支配された地球には、ただの戦闘では片付けられない謎と危機が待ち構えていた。機械生命体や人類の記録を残すシステムが反応し、リィアたちは次第に「地球奪還」という目的以上の重要な秘密を知ることになる。
それは、アークスが地球に降り立った本当の理由、人類がヴァルハラに逃げた理由、そして人類がこれまで抑えてきた「感情」に関する禁忌の真実だった…。
戦闘と苦悩の中でリィアは、自分と人間との間にある「境界」を越えようとするが、地球奪還の先に待っていたのは、彼女が想像していたものとは全く違う未来だった。