第一部ヘイレプシ

宇宙からやってきた神の一族のエマ。中山家の養子になり一緒に高校へ通うことに。中山直也と共に家庭生活と学園生活を経験するのだった。神の一族は、２０万キロ彼方のコロニーで移動しながら、宇宙の秩序を保つためにパトロールしている。直也はエマと共に神の一族の本拠地を訪れ……

第二部　フィシメイキア

高校３年生になり、東京大学工学部に進学するために勉強漬けの生活を送るようになった直也。心の中には、いつもエマの面影があった。ある日、剛田武がやって来て、運命の歯車が回り始める。武の正体を知っている直也は、神の一族の様子を聞きたいと思うが、ライバル心剥き出しの彼に翻弄されるのみだった。そんな中、ムラマサとフィシキに再会を果たす。そしてエマは帰ってきた。そして共に残された高校生活を歩き始める。中山家を訪れた全能の神ゼノンと太陽神アポロから、いよいよ真相が語られる。神の一族をまとめ、結束を固めるべく奮闘する２人……

第三部　ディアプトラ

神の力を自在に操れるようになっていた直也はこの力を何に活かすべきかを考え始める。神の一族として期待され、戦力に加わった直也は、配下の神を従えるようになる。武は戦いの神として武力を磨き、美の女神である愛は、隠された能力を覚醒する。そんな中、ウラノスは地球から持ち帰ったクマムシを火星で増殖させ、巨大化させ、神の力を使う恐るべき生物に進化させていた。そしてみずからの力を分け与えた４人の神を従え、地球の人類を滅亡させるため、進化生物を放つ。伝説の神と、全能の神、そして直也とエマを含めた、次代を担う４人の神が、暴走を止めるための戦いを始める。