14歳の少女エイムは、両親が遺した「魔法植物図鑑」を完成させるため、町から街を旅していた。魔法植物は200年ほど前から突如として出現し始め、未だ謎多き存在であった。 ある日彼女は、かつて魔獣討伐の偉業を成したとされる、伝説の守護英雄の故郷を訪れる。そこで出会ったのは、守護英雄に憧れながらも、自分の力に自信を持てない少年シラセ。 彼の村では原因不明の病が広がっており、エイムの調査によって、川の水が汚染されていることが発覚する。 エイムとシラセは水源の調査に旅立つが、そこで見たものは、おぞましい姿に改造された「人造魔法植物」と、大昔に討伐されたはずの恐ろしい魔獣の姿だった。 死闘の末、二人は魔獣の討伐に成功するも、その体は砂のように崩れ去り、そこに残されたのは古びた骨だった。 多くの謎を残した一件だったが、二人はそこに「明確な悪意」があることを確信した。 暗躍する影に挑むべく、二人は新たな旅路に足を踏み入れるのだった。