逢坂陽向は世間から隠されて育ってきた。多くを諦めてきた陽向だったが、恋人である千宙さえも奪われかけ、相手の殺害を企てる。だが、陽向の行動を一人の青年が引きとめた。凪という名の彼は、ある島でのアルバイトを持ち掛ける。自暴自棄になった陽向は仕事を引き受け島に渡るが、そこに住むのは人ではない者たちだった。

　――私は当契約に基づき、契約満了時まで椎名唯の友人となる。契約時、以下のことを約束する……。 来年の卒業式の日まで有効な、「友だち契約書」を結び、僕と椎名は友だちになった。 毎回予想を超える彼女に振り回されつつも、僕は少しずつ、彼女が契約を結ぶに至った理由を知っていく。

御浜高校に入学したばかりの文也には、幼馴染で同級生の桜がいた。 病弱で特に腎臓に病を持つ桜は、それでも常に前向きで、文也はそんな彼女が大好きだった。 同じ中学校出身の友人である颯介と、恋人の薫子。四人で楽しい思い出を作る日々。だが次第に桜の容体は悪化してしまう。 やがて最悪の結末を迎えた彼女に絶望する文也。しかし桜は奇跡を起こして、彼に再び言葉を届けた。 桜の本当の望みを叶えるべく、文也は彼女との過去を巡る。