オカルト研究部に所属する女子高生、霊ヶ峰(れいがみね)怜(れい)。
　オカ研に所属しながらオカルトを信じないという、変わり者の彼女であるが、とある事情から、オカルト現象を撮影すべく夜の学校を訪れる。
　そこで出会ったのは『がしゃどくろ』と呼ばれるあやかしだった。
　怜から〝どくろさん〟と呼ばれるようになった『がしゃどくろ』は、彼女をあやかしの世界へと誘い様々な出会いを与えていく。
　それは怜を成長させ、長年抱えていたコンプレックスさえ砕くことに成功する。
　怜は段々とあやかしに、ひいてはキッカケをくれたどくろさんに好意を抱いていくのだが、その最中――この街に巨大な脅威が来ることが判明する。
　鬼神と恐れられた伝説のあやかしが復活するというのだ。
　逃げるしかないあやかしたちに対し、成長した怜は立ち上がる。
　最後にはどくろさんたちと協力し、鬼神を封じ、平穏な世界を取り戻すのだった。