静岡の山村や研究所では、知性を持ち爆発的に増殖する「謎のイエロー菌」による乳幼児消失事件が頻発していた。粘菌は「柔らかい生体組織」を好み、人間の幼児さえも細胞の一部として置換・捕食していく。国家は乾燥と光による殺菌を図るが、それは胞子を全国へ拡散させる最悪の引き金となった。物流網に乗り東京、そして全国へ根を張った粘菌は、人々の意識から消し去られたまま数十年の休眠に入る。しかし現代、粘菌はデジタルネットワークやスマートホームを苗床に再燃。文明そのものを巨大な「餌」として認識し、静かに侵食を再開する。情報の伝達すら苗床とする粘菌は、いまや読み手であるあなたのすぐ側まで迫っているのだ。

2023年に、関東近郊で老若男女17名が相次いで失踪する連続事件が発生する。犯行は、宅配業者や警察官に扮した組織的な拉致から、防犯カメラにノイズを残して密室から人間が消える物理的に不可能な「消失」へとエスカレートする。警視庁は、消失者が未知の「耐性遺伝子」のために選別・収集されていたという戦慄の事実に辿り着く。特定の遺伝子「HGM-7q31変異体」である。最初は関東圏だけであったが、徐々に人が全国で次々と密室から消失する事件が増える。犯人はなぜ「HGM-7q31変異体」に固執するのか？　1,247名の失踪を残し事件は突如終結するが、1年後、「謎の訪問者」が、第二次収穫を予告した。見えない恐怖が潜む日常で捜査は続く。