帝国よりアクアソル王国への侵攻が始まる。
最初の戦いではソラ率いる軍によって圧勝となり、アクアソル王国が帝国から解放を宣言した。
帝国による第二侵攻が始まったが、侵攻したのは帝国最強飛竜騎士団を率いる伯爵だった。
伯爵との激戦を繰り広げて、ソラは伯爵と対峙する。
二人の対決に割って入ったのは、ソラの育て親の二人だった。
育て親二人からソラと伯爵の関係を知らせれ、伯爵が父親であることを知った。
母親は自分を産んですぐに暗殺されたため、匿うために離れた街で育てる事実を知らされる。
ソラを暗殺しようとしていたのが帝国の者であることを突きつめ、ソラと辺境伯が手を組むことになる。
アポローン王国が帝国の侵略を受けているとのことで、アポローン王国側に参戦。
帝国の最強騎士と戦いになるがギリギリの戦いで犠牲なく勝つこととなった。
帝国最強騎士とフィリアが戦っている間、フィリアの出生の秘密を知るスサノオが目覚める。
精霊眼を発現したソラは、母の故郷を訪ねると、精霊王となった母と再会した。
フィリアと結婚が決まり、両親が見守る中、二人はめでたく結婚。
しかし、魔女王と凱旋後、フィリアは自分の使命を知り、スサノオに体を渡して大陸の外に出ることにする。
大陸を守っていた結界が破れ、フィリアが外の世界に向かい、ソラ達はフィリアを返してもらうため、魔女王と共に光の神へ戦いを挑む。
中央大陸に上陸したソラは神田家神宮司家の力を借りると共に、封印大陸から援護に来てくれた仲間と共に、中央大陸を支配している国と激突する。
スサノオとの激突の末、フィリアを取り戻したソラは、神の力を得て光の神へ挑む。
光の神アマテラスは最後の力で世界に巨大隕石を落とすが、ソラは精霊になって世界を守ることを覚悟する。
最後は最愛の妻フィリアの手によってソラは命を亡くし精霊となり世界を救った。