新年度の始まる四月の始業式の日。初めて三年生の担任となった都立高校の社会科教諭・木下恵吾（25歳）は，教室に一つの空席があることに気づく。教え子の一人，江畑日奈の話では，その席の主・森嶋瑠花は脳外科に検査入院しているとのこと。恵吾が本人に面会に行くと，当の瑠花自身もそう言ったが，彼はその時に見た彼女の思いつめたような表情が気になる。 数日後，退院して登校してきた瑠花に，恵吾は衝撃的な告白をされる。「わたし，脳腫瘍で余命半年の宣告を受けたんです」と。そして，「残された半年間，先生に恋人でいてほしいんです」と。彼女に悔いを残してほしくないと思った恵吾は，彼女の「最期のお願い」を受け入れ，二人は秘密の交際を始める。 初めは「教師と教え子」という立場から戸惑っていた彼も，残された時間を大切に生きようとする彼女を本気で愛するようになっていく。 けれど無情にも病は確実に瑠花の体を蝕み，半年後の秋，恵吾と瑠花の恋にはタイムリミットが迫っていた……。